Jens Engberg blev ansat som amanuensis ved Historisk Institut, Aarhus Universitet, i 1967. Efter sin konferenseksamen ved Københavns Universitet havde han under et seniorstipendium tilbragt et års tid ved London School of Economics. I London samlede han kilder til en afhandling om dansk udenrigspolitik og det slesvigske spørgsmål, som han forsvarede i Aarhus i 1968. Hans profil som forsker trådte tidligt frem. Han var alle dage en ensom ulv, som havde det bedst hjemme ved sit skrivebord eller på arkiverne. Han var fortæller mere end analytiker, en meget velskrivende fortæller, og fortællingen byggede på et effektivt og systematisk kildearbejde. Han dannede sig et overblik over kildematerialet og lagde en plan, som han sjældent afveg fra. Han var ikke den, der fordybede sig så meget, at han som mange andre historikere lod kilderne drive sig ud ad denne eller hin tangent. Et eksempel på hans overblik er bogen Kilder til dansk historie i engelske arkiver, som han udgav efter hjemkomsten fra London. Jens Engberg var løjtnant af reserven, interesserede sig for våbenhistorie og var i sin studietid knyttet til først Tøjhusmuseet, senere Rigsarkivet. Han havde i sine første år som forsker en ret traditionel holdning til sit fag. I 1968 var der en diskussion i gang om historiens nytte. Faget var trængt af statskundskab og økonomi, hvorfra pressen og politikerne nu hentede deres eksperter. I en artikel i tidsskriftet Fortid og Nutid skrev Jens Engberg, at historie aldeles ikke var nogen nytte til. Den dyrkede man for dens egen skyld.    

Efter disputatsen kastede han sig over dansk finanshistorie under Christian 4. og udgav i 1972 en stor afhandling herom, som han betragtede som sit egentlige svendestykke. I bogen Dansk Finanshistorie i 1640’erne nærmede han sig for første og sidste gang de systematiske samfundsvidenskaber med en strukturel gennemgang af finansvæsenet. En forståelse af finansvæsenets tidlige struktur var nødvendig for forståelsen af nutidens, mente han nu. Historien kunne alligevel være til nytte.

Fra 1968 rejste der sig en skarp kritik af fagtraditionerne især på humaniora. Der lød et højt krav om samfundsrelevans. Jens Engberg bevægede sig allerede med finanshistorien i den retning og gik derefter endnu videre. I 1973 udgav han Dansk guldalder eller oprøret i Tugt- rasp- og forbedringshuset 1817, en bog som vakte betydelig opsigt. Et hårdtslående forsøg var det på at se historien fra neden. Guldalderens samfund var slet ikke så idyllisk, fastslog han. Det var tværtimod et klassesamfund af værste skuffe. Han søgte ud på venstrefløjen og gik snart under navnet Jens Klassekamp. Resten af hans forfatterskab blev engagerede fortællinger, som på en nøgtern og illusionsløs måde tog parti for de nederste i samfundet.

I 1973 blev instituttets professorat i det 19. århundredes historie opslået ledigt. Jens Engberg blev under hånden advaret mod at søge det. ”De ældre i faget” så det ikke gerne. Han søgte alligevel. Et flertal i bedømmelsesudvalget anført af Povl Bagge fandt, at Dansk guldalder diskvalificerede ham, skønt disputatsen og især finanshistorien stillede ham langt foran de øvrige ansøgere. Stillingen blev genopslået, og han søgte på ny. Professor Weibull blev formand for det nye udvalg på fem mand og ville igen diskvalificere ham, men kom i mindretal. Flertallet indstillede Jens Engberg til professoratet, som han derefter beklædte til sin pensionering i 2006.

Der var et stærkt behov for professionel forskning i arbejderbevægelsens historie, som hidtil kun var dækket af de socialdemokratiske og kommunistiske partihistorier. Jens Engberg blev en af de flittigste forskere på dette felt. Hans biografier af de tidligste socialdemokrater, Hans Brix (1975) og Louis Pio (1979) er standardværker. Sammen med en række yngre historikere holdt han en række radioforedrag om den danske arbejderbevægelses historie, som blev udgivet i 1976 under titlen Dansk arbejderbevægelse. Senere fulgte bøger om havnearbejderstrejken i Aarhus 1897 i 1985, Blik og rørarbejderforbundets historie 1990 og I minefeltet. Træk af arbejderbevægelsens historie siden 1936 (1986). To store kildeudgaver til arbejderbevægelses historie 1871-77 udkom i 1985 og 1992 under titlen Aktstykker til belysning af statsmagtens kamp mod den tidlige arbejderbevægelses i Danmark.

 I begyndelsen af 1980’erne skrev han en række artikler til brugsforeningernes blad ”Samvirke”, som vakte en storm af kritik i de borgerlige blade. De udkom i 1982 under titlen Danskernes historie som en bog på kun 120 sider. Med denne korte Danmarkshistorie brød han igennem til et meget bredt publikum. Mange roste den som et forfriskende alternativ til det, de havde lært i skolen. Han fulgte op med et par skolebøger, Historien om Danmark (1988) og Kilder til Historien om Danmark (1988). Jens Engberg var fra 1971 aktiv på skolebogsmarkedet som initiativtager til og redaktør af Acta-serien på Munksgaards forlag. En verdenshistorie samt hele 23 kildehæfter blev det til.

I 1987 udgav han romanen Lykken er en blomme om bl.a. grevinde Danners erotiske eskapader. Året efter kom en tyk bog om orientalske tæpper, et emnefelt, han havde taget op under en flugt fra professortrængslerne i 70’erne. På et tidspunkt drev han og hans kone en tæppebutik i Ebeltoft. Også lokalhistorien tog han fat på i 80’erne. Sammen med andre forskere skrev han to bøger, en om Århus bys historie (1985) og en om Københavns historie (1987), men kollektivismen var begrænset. Hver gang var det ham, der tog initiativet og indforskrev forfatterne.

Jens Engbergs forfatterskab skulle spænde endnu videre. I 1990’erne gik han i gang med kulturhistorien. På et meget stort kildemateriale skrev han et tobindsværk om Det Kongelige Teaters historie, som udkom i 1995 under titlen Til hver mands nytte. Ikke fordi han interesserede sig særligt for teater, men fordi han havde et godt øje til finkulturen, og fordi teatret gennem et par hundrede år var en central scene for den borgerlige kultur. Han så teatret udefra i dets historiske kontekst med et kritisk og nøgternt blik. Værket fik en god modtagelse og indbragte ham Brandesprisen.  

I årene derefter udvidede han sit forskningsfelt fra Det Kongelige Teater til hele den danske kulturpolitik fra 1750 til 1900 og udgav i 2005 trebindsværket Magten og kulturen. Dansk kulturpolitik bd. 1, 1750-1814, bd. 2, 1814-1849, og bd. 3, 1849-1900. Værket blev ved Dansk Historisk Fællesråds prisuddeling i 2006 nomineret til ”Årets historiske bog”, men blev kun nr. 3.

Ved siden af kulturpolitikken fik han også tid til miljøpolitikkens historie. I 1999 udgav han bogen Det heles vel. Forureningsbekæmpelsen i Danmark fra loven om sundhedskommissionerne i 1850’erne til vedtagelsen af miljøloven i 1974, der samme år udkom på engelsk. Dertil kom erindringsbøgerne Da krigen var tæt på (2000) og Sådan var det jo (2013). I en begejstret anmeldelse af den første i Politiken skrev Hans Hertel bl.a.: ”Slagsbroderen Jens Engberg fornægter sig ikke med sine frække ord i stuen, men mange provokationer glider ned takket være hans selvironi”.

I 2009 vendte han tilbage til guldalderen med en veloplagt fortælling, Den tapre tinsoldat. En biografi om Frederik 6., og i 2011 afsluttede han sit historiske forfatterskab med bogen Det daglige brød. Bønder og arbejdere 1650-1900, en værdig krone på Jens Klassekamps værk. Han delte befolkningen i overdanskere og underdanskere og skildrede mødet mellem dem med bl.a. følgende citat: ”Der var en frue i København, som ville så gerne se en bonde. En dag kom en af hendes gode venner ind til hende og sagde: Her er en bonde. Hun betragtede ham længe, og endelig sagde hun: Nej se, han ligner jo næsten et andet menneske. Træk ham ud i stalden og giv ham en tot hø.”

Det var ikke så lidt, Jens Engberg fik fra hånden. Meget få historikere har publiceret så meget. Han var en glimrende fortæller, og fra og med Dansk guldalder gik der en klar rød tråd gennem det hele. Hans bøger nåede ud til et bredt publikum. Hans mange læsere har meget at takke ham for. Også de studerende, der fulgte hans undervisning og vejledning i de senere år på universitetet. Før da havde undervisningen ikke hans store interesse. Kollegerne havde han ikke megen kontakt med. Det var meget lidt, han viste sig på universitetet uden for de dage, hvor han skulle undervise, og møderne kom han sjældent til. Han var en overgang medlem af fakultetsrådet og nærmede sig dekanposten og blev siden næstformand i Dansk Magisterforening. Men med sin kompromisløse, konfrontatoriske facon stødte han mange fra sig, og han mistede hurtigt interessen for det administrative arbejde. Vi er ikke mange, der husker ham som den trofaste ven, han også kunne være.

Jens Engberg gik på pension i 2006. Han skrev, som det er fremgået, fortsat på livet løs. At forske og skrive var hans liv. Hans sidste år blev svære. Han ramtes af et slagtilfælde, som lammede ham i den ene side, og snart efter af et andet, som lammede ham i den anden side. Den flittige skribent kunne i mange år hverken læse eller skrive, knapt nok tale. Men han opgav ikke, mente bestemt, han ville blive 90. Det nåede han ikke. Han døde den 13. marts 2024 kort før sin 88-års fødselsdag.  

Steen Busck