Forskningsprogrammet samler forskning inden for teologi og nært beslægtede fag. Teologiens traditionelle fagvifte omfatter disciplinerne: Gammel Testamente, Ny Testamente, Kirkehistorie, Praktisk Teologi, Dogmatik, Etik og Religionsfilosofi samt Missions- og Økumenisk teologi. Derudover omfatter forskningsprogrammet også forskning inden for Diakonividenskaben og Jødiske Studier.

Programmet har med sin interesse for kristendommens og teologiens samspil med kultur, politik, samfund og den interreligiøse dialog en betydelig tværfaglig dimension. Forskningsprogrammet indeholder derfor en lang række tværfaglige samarbejder, bl.a. med historie, religionsvidenskab, filosofi og idehistorie, klassiske filologi, samfundsvidenskab, arkæologi og æstetiske fag.

Forskningsprogrammet består af fem forskningsenheder

• Forskningsenheden "Det Gamle Testamente"
• Forskningsenheden ”Det Nye Testamente”
• Forskningsenheden ”Den Kristne Orient”
• Forskningsenheden "Praktisk og Empirisk Teologi"
• Forskningsenheden ”Teologisk etik”

Samt tre tværfaglige centre

• Centre for the Study of Antiquity and Christianity (CSAC)
• LUMEN: Center for the Study of Lutheran Theology and Confessional Societies
• K.E. Løgstrup Forskningscenteret

Desuden samarbejder Forskningsprogrammet tæt med

• Center for Grundtvigforskning